Слово "завтрак" появилось в языке точно так же, как и слово "завтра", а суффикс "-ак" завершил его оформление. Исходно — "завтра", затем — "утренняя еда", то есть "еда, принимаемая утром".
В русском языке широкое употребление слово «обед» получило только в конце XVI в., хотя возникло очень давно. Понять, как «устроено» это слово, легко, если знаешь, что в древности оно обозначало не саму́ дневную трапезу, как теперь, а время до и после еды. Поэтому оно и построено из корня «-ед-» («еда») и приставки «об-» (как «объем», «обход» и т.п.). В народных говорах оно получило еще переносное значение — «полдень» и, далее, «юг», потому что в старину пищу принимали в середине дня, когда солнце стоит в южной части неба.
У́жин - общеславянское слово от существительного угъ — «юг, полдень». Первоначально — «еда в полдень». Мы привыкли к тому, что ужин у нас — вечерняя еда, а образовано это слово было для обозначения еды полуденной. Древнерусское «угъ» значило «юг»; солнце стоит на юге в полдень, и трапеза, приуроченная к середине дня, получила наименование «южная» — «ужин». Постепенно это название сместилось на вечернюю пищу, освободив место "обеду" и вытеснив исходное славянское "вечеря", а «ужин» стало означать «вечерний стол».
Со словом "полдник" все не очень понятно. Дело в том, что популяризировали его активнее всего в советское время, на волне всеобщего увлечения распорядком дня и правильным питанием. По происхождению это слово явно отсылает нас к полуденному времени, и одно из объяснений заключается в том, что в дореволюционной крестьянской среде время приемов пищи было заметно смещено в сторону утра. Вставали тогда очень рано, чтобы успеть как можно больше сделать до наступления полуденного зноя. Так что полдник по времени приходился изначально на середину дня, а обед был смещен ближе к 9-10 часам утра. В это же время в церквях служится обедня, что косвенно можно расценивать как подтверждение этой версии.
До нас также в источниках доходит более поздний вариант "паужин", в котором явно видится указание на время — между обедом и ужином, когда те уже были на современных "местах". По смыслу он совпадает с современным значением полдника.
Этимологический онлайн-словарь Успенского Л. В. Этимологический онлайн-словарь Крылова Г. А.